地域再生マネージャー事業は、総務省・財団法人地域総合整備財団の連携事業です。これは、市町村の地域再生にかかわる取り組みにあたって、市町村が具体的・実務的ノウハウなどを有する企業又は人材を「地域再生マネージャー」として選定し、業務を委託することで、地域再生を行っていくものです。

アミタ株式会社では、2004年に岡山県西粟倉村、2005年に滋賀県高島市から本事業を受託し、地域再生マネージャー事業の最初のステップを踏み出しました。

人口約1600人の岡山県西粟倉村は2004年、地域再生マネージャー事業のモデル市町村に採択されました。

地域再生マネージャーとして選定されたアミタ株式会社は、西粟倉村の出資会社が経営している村営宿泊施設、入浴施設､レストラン等について、サービスの質の向上、経営体質改善等を推進、FSC森林認証なども活用しながら、「木の里再生」をコンセプトにプロジェクトを進めました。

2005年にはまた、アミタ株式会社が事業主体となり採択された経済産業省の「グリーン・サービサイジングモデル事業」における「木製遊具による木質系マテリアルリース」において、西粟倉村の木材を利用しました。

これをきっかけに、西粟倉村を愛する林業家や木工職人、木工製品デザイナーらが、2006年7月に株式会社　木の里工房　木薫を設立。森林管理から商品販売までの一貫した体制で、森林資源の活用を進めています。また、2009年10月には、森林のトータルマネジメントを手がける株式会社トビムシと西粟倉村が共同で株式会社西粟倉・森の学校を設立。森や村の魅力を発信しています。

「環（わ）の郷（さと)」をコンセプトとした地域再生を推進していた滋賀県高島市は、2005年、「地域再生マネージャー事業」のモデル市町村に採択されました。

地域再生マネージャーとして選定されたアミタ株式会社は、農林水産業の振興を通じた地域再生を得意とするアミタ持続可能経済研究所が中心となって、農林水産業・地域再生の専門家を高島市に派遣、持続可能な農林水産業や人材育成などの様々なプロジェクトを実施し、自然環境を活かした「生業（なりわい）の再生」に取り組みました。 なお、このプロジェクトから、生物多様性に配慮した農法で作られた「たかしま生きもの田んぼ米」などの商品が生まれました。